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En este trabajo se estudió la viabilidad de una biomasa anaerobia acidogénica (BAA) después de haber sido sometida al proceso de biosorción de zinc (Zn), para la cual se utilizó un citómetro de flujo. Se caracterizó físicamente la BAA por medio de análisis gravimétrico, la toxicidad del Zn se determinó como concentración inhibitoria media. La cinética de biosorción se llevó a cabo a concentraciones de 5 hasta 35 mg/L de zinc. Finalmente para conocer la viabilidad de la BAA después de la cinética de biosorción, se adquirieron las muestras a diferentes tiempos en un citómetro de flujo. Los resultados del estudio de la toxicidad muestran que la biomasa se inhibe al 50% metabólicamente con una concentración de 22.5 mg/L de Zn. En cuanto al estudio de biosorción, el 50% del ion Zn fue adsorbido por la BAA en los primeros 90 min y el 65% a las 48 horas. En los estudios de Citometría de flujo los resultados muestran tres poblaciones microbianas: bacterias, levaduras y detritos celulares. La viabilidad de la BAA se ve afectada en las poblaciones bacterianas, sin embargo se observa en la población de levaduras que es capaz de reproducirse y desarrollarse en presencia del ion zinc.