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Leptospirose ist eine durch Wasser übertragene Zoonose (60.000 Infektionen und 1 Million Todesfälle jährlich). Das Wissen über die Krankheit im urbanen Kontext ist erstaunlich selten, vor allem in Afrika. Hier liefern wir die erste Studie über Leptospiren in Gewässern innerhalb einer afrikanischen Stadt. Es wurde ein einfaches zentrifugationsbasiertes Verfahren entwickelt, um Leptospiren im Wasser aus abgelegenen oder schlecht versorgten Gebieten zu untersuchen. Hauptionen, Spurenelemente, stabile Isotope und pathogene Leptospiren wurden dann saisonal anhand verschiedener sozio-ökologischer und hydrographischer Merkmale untersucht. Erstens wurden keine Leptospiren im Leitungswasser nachgewiesen. Zweitens, obwohl eine Oberflächenkontamination nicht ausgeschlossen werden kann, wurde ein Grundwasserbrunnen als leptospirenpositiv befunden. Drittens kontaminierte pathogenes Leptospira hauptsächlich Oberflächenwasser von temporären und permanenten Teichen (9,5 % bzw. 27,3 % der Gesamtprävalenz). Isotopische Signaturen deuten darauf hin, dass Leptospiren in Teichwässern auftraten, die sich zu Beginn der Regenzeit nach geringen bis mäßigen Niederschlagsereignissen bildeten.