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La leptospirosis es una zoonosis transmitida por el agua (60.000 infecciones y 1 millón de muertes al año). Los conocimientos sobre la enfermedad en el contexto urbano son sorprendentemente escasos, especialmente en África. Aquí presentamos el primer estudio sobre las leptospiras en las aguas de una ciudad africana. Se ha desarrollado un método sencillo basado en la centrifugación para analizar las leptospiras presentes en el agua de zonas remotas o pobres. A continuación se investigaron estacionalmente los iones principales, los oligoelementos, los isótopos estables y la Leptospira patógena a partir de diferentes características socioambientales e hidrográficas. En primer lugar, no se detectó ninguna leptospira en las aguas del grifo. En segundo lugar, aunque no se puede excluir la contaminación de la superficie, un pozo de agua subterránea resultó positivo a la leptospira. Las firmas isotópicas sugieren que las leptospiras se encontraban en las aguas de los estanques que se formaban al principio de la estación de las lluvias, después de eventos de precipitación de baja a moderada.