La leptospirosi è una zoonosi trasmessa dall'acqua (60.000 infezioni e 1 milione di morti all'anno). La conoscenza della malattia nel contesto urbano è sorprendentemente rara, soprattutto in Africa. Qui, forniamo il primo studio di leptospire nelle acque di una città africana. Un semplice metodo basato sulla centrifugazione è stato sviluppato per lo screening di leptospire acquatiche da aree remote o povere. Gli ioni maggiori, gli elementi in traccia, gli isotopi stabili e i Leptospira patogeni sono stati poi studiati stagionalmente da diverse caratteristiche socio-ambientali e idrografiche. In primo luogo, nessuna leptospira è stata rilevata nelle acque di rubinetto. In secondo luogo, anche se la contaminazione superficiale non può essere esclusa, un pozzo di acqua freatica è stato trovato positivo alla leptospira. In terzo luogo, la Leptospira patogena ha contaminato principalmente le acque superficiali degli stagni temporanei e permanenti (9,5% e 27,3% della prevalenza totale, rispettivamente). Le firme isotopiche suggeriscono che le leptospire si sono verificate nelle acque degli stagni formatesi all'inizio della stagione delle piogge dopo eventi piovosi da bassi a moderati.