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La leptospirose est une zoonose d'origine hydrique (60 000 infections et 1 million de décès par an). Les connaissances sur cette maladie dans le contexte urbain sont étonnamment rares, notamment en Afrique. Ici, nous fournissons la first étude des leptospires dans les eaux au sein d'une ville africaine. Une méthode simple basée sur la centrifugation a été développée pour dépister les leptospires d'origine hydrique provenant de zones éloignées ou pauvres. Les ions majeurs, les éléments traces, les isotopes stables et les Leptospires pathogènes ont ensuite été étudiés de manière saisonnière à partir de différentes caractéristiques socio-environnementales et hydrographiques. Premièrement, aucune leptospire n'a été détectée dans les eaux du robinet. Troisièmement, les Leptospira pathogènes ont principalement contaminé les eaux de surface des étangs temporaires et permanents (9,5% et 27,3% de la prévalence totale, respectivement). Les signatures isotopiques suggèrent que les leptospires sont apparus dans les eaux des étangs formés au début de la saison des pluies après des événements pluvieux faibles à modérés.