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Les études utilisant principalement des méthodes dépendantes de la culture ont permis d'établir un ensemble d'espèces supposées jouer un rôle dans la pathogenèse des lésions périradiculaires. Plus récemment, les méthodes moléculaires ont étendu les données qui soutiennent le rôle de nombreuses espèces bactériennes dans les maladies périradiculaires et ont également élargi la liste des agents pathogènes endodontiques présumés en détectant des espèces de culture difficile, voire impossible. En conséquence, le microbiote endodontique a été clairement redéfini par les méthodes moléculaires.