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Studien, bei denen überwiegend kulturabhängige Methoden zum Einsatz kamen, haben zur Festlegung einer Reihe von Arten geführt, von denen angenommen wird, dass sie bei der Pathogenese periradikulärer Läsionen eine Rolle spielen. In jüngerer Zeit haben molekulare Methoden die Daten, die die Rolle vieler Bakterienarten bei periradikulären Erkrankungen belegen, erweitert und die Liste der vermuteten endodontischen Pathogene durch den Nachweis von Arten, die sich nur schwer oder gar nicht kultivieren lassen, erweitert. Infolgedessen ist die endodontische Mikrobiota durch molekulare Methoden eindeutig neu definiert worden.