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Siebzehn Bakterienstämme wurden aus Rhizosphärenboden und oberflächensterilisierten Zuckerrohrwurzeln isoliert und repräsentierten auf der Grundlage von 16S rDNA-Sequenzen 12 Arten, die in den 6 Gattungen Klebsiella, Burkholderia, Erwinia, Enterobacter, Bacillus und Ralstonia verteilt sind. Bei den Rifr-Mutanten von P. stutzeri wurde eine Reihe von Oxidation der Substratnutzungsmuster beobachtet, so dass die Nutzung von Carbonsäuren und Aminosäuren bei mehreren Rifr-Mutanten signifikant höher war als beim Wildtyp. Um den Mechanismus der Pflanze-Mikroben-Interaktion zu untersuchen, wurde ein Satz von 20 Genen ausgewählt, die für die chemotaktische Motilität und die Besiedlung der Wurzeloberfläche verantwortlich sind, und ihre Expression wurde in Gegenwart von Reiswurzelexsudaten bestimmt. Nach Induktion von 1h wurde festgestellt, dass die PilK-, metE- und rpoN-Transkription um das 5,7-, 6,4- bzw. 3,4-fache zunahm, während das fdhE-Gen keine Expression aufweist. Folglich waren die pilK-, fdhE-, metE- und rpoN-Gene nach einer Induktion von 4h um das -1,9-, -4,4-, -0,2- bzw. -0,8-fache vermindert. Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass die Pflanze-Mikroben-Interaktion durch komplexe regulatorische Systeme kontrolliert wird.