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Los cultivos están colonizados por complejas comunidades microbianas y algunas de ellas son perjudiciales y causan enfermedades, mientras que otras promueven el crecimiento de la planta y mejoran la adquisición de nutrientes y la tolerancia a las tensiones bióticas y abióticas a través de una multitud de mecanismos. Los hongos o bacterias que crecen en el interior del tejido vegetal sin causar ningún daño al huésped se denominan endófitos. Se asocian a la mayoría de las especies vegetales que se encuentran en los ecosistemas naturales y gestionados. Los endófitos se consideran importantes socios de las plantas que desempeñan un papel importante en la mejora de la tolerancia al estrés del huésped en comparación con las que carecen de dicha simbiosis. La mayoría de los endófitos se encuentran sin ningún efecto conocido, pero numerosas bacterias y hongos establecen una asociación mutualista o patógena con la planta huésped. En la mayoría de los casos, el resultado de las interacciones depende de los factores ambientales y del genotipo del huésped y del microorganismo que interactúa. Los endófitos son los microorganismos que colonizan sin síntomas el tejido vegetal vivo sin causar ningún efecto negativo inmediato y manifiesto en la planta.