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Devido à falta de critérios de seleção adequados, o desenvolvimento de variedades de arroz altamente tolerantes ao sal e de alto rendimento permanece como um episódio incompleto e nesta encruzilhada os marcadores moleculares encontram um lugar apropriado para serem usados. Estes são mais potenciais; ter melhor resolução e não ser afetado pelo ambiente em mudança. No presente estudo, foram feitos esforços para marcar gene (s) tolerante (s) ao sal em um mapeamento F3 de Pokkali X IR 28 com fenotipagem simultânea em resposta ao excesso de sal em condições artificiais. O resultado mostra um amplo polimorfismo em relação a 10 primers decâmeros, o que é essencial para um programa de marcador molecular no mapeamento de genes de interesse. A partir deste estudo, pode-se concluir que o RAPD pode ser usado na marcação de gene (s) para tolerância ao sal em arroz sem hesitação. As informações presentes são amplamente suficientes para que o RAPD possa ser usado como um sistema de marcador confiável, fácil de manusear e barato no perfil molecular de segregantes F3.