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A tolerância à salinidade e o polimorfismo molecular no arroz foi analisado utilizando um CSR10 (indica tolerante ao sal) x HBC19 (Taraori Basmati, basmati tradicional premium, sensível ao sal) F3 que segregou a população. Dos 38 primários ISSR do conjunto de primários UBC #9, 26 primários foram seleccionados com base na amplificação de bandas nítidas e claras e utilizados para uma análise posterior de marcadores moleculares. 26 primários de ISSR amplificaram um total de 149 bandas. Numa média de 5,7 bandas por iniciador foram detectadas e o número de bandas por iniciador variou de 4 a 11. Em todos os tamanhos de produtos de PCR variaram entre 200 a 3530 bp. Das 149 bandas, 89 eram mono-mórficas e 60 eram polimórficas. Quatro das 149 bandas estavam presentes apenas nas plantas de F3. As bandas polimórficas amplificadas com o número primário 825, 826, 836, 849, 853, 848 e 866 estavam mais frequentemente presentes (até 90%) em genótipos tolerantes ao sal, em comparação com os genótipos sensíveis ao sal. Tais bandas polimórficas têm maiores probabilidades de ter uma ligação com os genes / QTL's para a tolerância à salinidade e devem ser alvo de mais estudos.