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L'identification des cultivars est la condition préalable à la commercialisation de toute plante agricole. L'identification des cultivars à l'aide de marqueurs biochimiques et morphologiques est une approche traditionnelle qui est influencée par les facteurs environnementaux et l'âge, ce qui entraîne une identification imprécise des cultivars. L'identification des cultivars est une contrainte majeure pour les plantes présentant une grande similarité morphologique, ce qui affecte leur commercialisation. Pour atténuer ce problème, un système de marqueurs moléculaires a été mis au point et utilisé pour identifier et caractériser les variétés végétales ou les cultivars d'intérêt. La présente revue traite du rôle des différents marqueurs moléculaires dans l'identification des cultivars et de leur statut actuel. Bien que les marqueurs moléculaires présentent certaines limites, plusieurs marqueurs appropriés comme RAPD, ISSR, SSR, SNP, SCAR, CAPS, etc. sont présents pour une large gamme de plantes. Ces marqueurs pourraient être utilisés efficacement pour l'identification authentique des cultivars de plantes. De plus, des marqueurs appropriés doivent être développés pour l'identification authentique d'autres cultivars prometteurs d'espèces végétales importantes.