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En Bolivia, la ganadería de la región andina está constituida principalmente por la crianza de ganado camélido, siendo éste una importante fuente de sustento para los habitantes de esa región. De acuerdo con el último censo de camélidos, nuestro país cuenta con 2.398.572 llamas, por lo que es necesario caracterizar genéticamente nuestras poblaciones para un adecuado manejo de la especie, un mejoramiento a nivel genético que permita una explotación sustentable de este recurso. Para esto se debe analizar la diversidad genética y la diferenciación de poblaciones y los marcadores de ADN microsatélites constituyen una poderosa herramienta molecular para lograr estos objetivos. En el presente estudio se caracteriza y evalúa la estructuración genética intra- e inter- poblacional de dos poblaciones nativas de llamas (Lama glama), pertenecientes a Sajama- Oruro (28 individuos) y E. Baldivieso- Potosí (30 individuos), utilizando 3 loci microsatélites. Todos los marcadores usados fueron polimórficos e informativos, con un número promedio de alelos por locus similar en Sajama y E. Baldivieso con valores de 3.67 y 3.33, observándose una baja diversidad alélica en dichas poblaciones