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As vacinas inactivadas são utilizadas principalmente em todo o mundo para prevenir infecções por flavivírus. Actualmente, 6 vacinas contra a encefalite transmitida por carraças produzidas por inactivação de formalina do vírus da encefalite transmitida por carraças (BTV) a partir de fibroblastos de embriões de galinha são aprovadas na Rússia. Não existem vacinas baseadas no tipo siberiano de VEE, que domina na maioria das áreas endémicas da Rússia. A cobertura média da população das regiões endémicas da Rússia com vacinação contra a encefalite transmitida por carraças é de cerca de 5%. A longa imunização por três vezes e a necessidade de revacinação de 3 em 3 anos levaram à procura de novas formas de profilaxia. A imunização genética de ratos com DNA plasmídeo clonado com os genes prM, E e NS1 de VEE sob o controlo de promotores reconhecidos por polimerases eucarióticas de RNA forneceu protecção apenas contra uma estirpe homóloga do vírus. As vacinas de ADN revelaram-se instáveis em células eucarióticas e capazes de integração em cromossomas celulares. A introdução do RNA genómico viral a todo o comprimento mas não dos genes E e NS1 também resultou na protecção contra a infecção viral. Bactérias recombinantes e múltiplos peptídeos antigénicos induzidos por anticorpos específicos de vírus.