Quantitative Proteomik mit Datenbanken in Java
Protein-Protein-Interaktionsnetze in Aktion
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In dieser Arbeit werden High-Throughput-Daten aus der Massenspektrometrie erfolgreich mit Methoden aus der Informatik, wie Protein-Protein- Interaktionsdatenbanken und Visualisierungstechniken verbunden, um unter anderem Unterschiede in gesundem und Krebsgewebe aufzuzeigen oder den Verlauf einer Zell-Stimulierung zeitlich aufgelöst darzustellen. Wichtige biologische und technische Grundlagen werden zu Beginn verständlich erklärt. Dabei wird auf die Werkzeuge der Proteomik, insbesondere auf die Massenspektrometrie, eingegangen. Das eingeführte System kann quantitative Proteomanalysen mittel...
In dieser Arbeit werden High-Throughput-Daten aus der Massenspektrometrie erfolgreich mit Methoden aus der Informatik, wie Protein-Protein- Interaktionsdatenbanken und Visualisierungstechniken verbunden, um unter anderem Unterschiede in gesundem und Krebsgewebe aufzuzeigen oder den Verlauf einer Zell-Stimulierung zeitlich aufgelöst darzustellen. Wichtige biologische und technische Grundlagen werden zu Beginn verständlich erklärt. Dabei wird auf die Werkzeuge der Proteomik, insbesondere auf die Massenspektrometrie, eingegangen. Das eingeführte System kann quantitative Proteomanalysen mittels iTRAQ in Protein-Protein-Interaktionsnetzen darstellen. Diese Interaktionsnetze werden aus Informationen in aktuellen Publikationen generiert, die in einer relationalen Datenbank abgelegt sind, welche mittels Java an das System angebunden wird. Mögliche Signalwege in den Netzwerken werden aufgrund statistisch robuster Regulationsdaten aus der Massenspektrometrie mittels der "Divergence" berechnet. Die Divergence gibt darüber hinaus Aufschluss über die Mengenänderung und strukturelle Veränderungen eines Proteins.
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