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Les facteurs régulant la composition et l'abondance relative des communautés phytoplanctoniques ont été étudiés dans un ancien lac dont le réseau alimentaire est très endémique. Le lac Matano présente une diversité de genres (21) similaire à celle des lacs tropicaux, mais une faible biomasse de phytoplancton (0,0162 µg/L). Le mélange vertical limite physiquement la production primaire (42% Zeu:Zm) ; le phytoplancton est déplacé en dessous de la zone euphotique. Les concentrations en macronutriments (0,30 µmol/L N, 0,13 µmol/L P) sont faibles. Les dosages biologiques des nutriments utilisent N et P (30-320 µmol/L individuellement, 60:5-1920:160 µmol/L N:P combinés). Après 16 jours, aucun changement significatif (p > 0,05) de l'abondance relative et aucun changement biologiquement significatif de la biomasse du phytoplancton ne s'est produit. Cependant, la culture en milieu de croissance CHU-10 a permis d'augmenter significativement le chl-a. L'analyse a identifié du Cr (0,14 µmol/L) dans l'eau du lac au-dessus d'un seuil permettant de limiter la croissance des algues (0,12 µmol/L) et du Mo (0,0005 µmol/L) en dessous des besoins de la plupart des organismes aquatiques (0,008 µmol/L). Par conséquent, les facteurs physiques (mélange) et chimiques (toxicité, micronutriments) sont conclus pour limiter la composition et l'abondance relative du phytoplancton à Matano.