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En biologie, une souche est une variante génétique, un sous-type ou une culture au sein d'une espèce biologique. Les souches sont souvent considérées comme des concepts intrinsèquement artificiels, caractérisés par une intention spécifique d'isolement génétique, ce qui s'observe le plus facilement en microbiologie où les souches sont dérivées d'une colonie monocellulaire et sont typiquement mises en quarantaine par les contraintes physiques d'une boîte de Pétri. On parle aussi couramment de souches en virologie, en botanique et avec les rongeurs utilisés dans les études expérimentales.