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I microrganismi svolgono un ruolo significativo nello sviluppo e nella progressione delle malattie pulpari e periapicali. L'obiettivo primario della terapia endodontica è quello di eradicare l'infezione del canale radicolare e creare un ambiente in cui eventuali microrganismi residui non possano sopravvivere. Questo obiettivo può essere raggiunto utilizzando una combinazione di tecniche di trattamento asettico, preparazione chemio-meccanica del canale radicolare, soluzioni irriganti antimicrobiche e farmaci intracanalari. I farmaci intracanalari comprendono qualsiasi agente con azione farmacologica prevista introdotto nel canale radicolare. Mentre le soluzioni irriganti dimostrano anche un'azione antibatterica, i farmaci intracanali descrivono più concretamente i farmaci lasciati nel canale radicolare per esercitare i loro effetti per un periodo di tempo più lungo. Gli agenti più diffusi includono idrossido di calcio, antibiotici, biocidi non fenolici, biocidi fenolici e composti di iodio. La loro scelta dipende dallo stato pulpare e periapicale del caso da trattare.