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Este artigo de revisão contém uma descrição detalhada dos marcadores moleculares e sua aplicação no melhoramento das culturas. Além disso, contém as propriedades do marcador molecular ideal. Os marcadores moleculares são etiquetas que podem ser usadas para identificar genes específicos e localizá-los em relação a outros genes. Ao contrário dos marcadores morfológicos, os marcadores moleculares estão revelando diretamente o polimorfismo ao nível do DNA e fenotípico neutro.