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L'oignon (Allium cepa), une liliacée très appréciée par le consommateur marocain occupe une superficie de 30.600 ha qui est en constante progression depuis plusieurs années. L'oignon comme dans la plupart des pays, constitue un légume populaire entrant dans la majorité des traditions culinaires. Dans la région de Meknès-El Hajeb, cette culture occupe une place importante parmi les autres cultures maraîchères aussi bien en superficie qu'en production. Dans ce travail nous avons identifiées par technique moléculaire, technique biochimique et le test de pathogénicité les agents pathogènes qui responsable à la pourriture molle des bulbes d'oignon. Par la technique de séquençage nous avons identifiées que la souche 2078-6 est une Pseudomonas marginalis et la souche 2079-5 est une citrobacter murliniae.