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Les chiens infectés par la babésiose présentent des signes de lésions rénales aiguës et de dysfonctionnement cardiaque. Les lésions rénales se caractérisent par la présence de cellules tubulaires rénales, de protéinurie, d'enzymurie et d'azotaémie variables. Les causes des lésions rénales sont attribuées à une combinaison de taux de filtration glomérulaire réduit, d'hypoxie anémique et de méthémoglobine. L'hémodynamique rénale est également plus susceptible d'être anormale en présence d'un dysfonctionnement cardiaque, qui, dans le cas de la babésiose, semble être associé à un infarctus du myocarde. Le dysfonctionnement cardiaque peut être démontré par une élévation des troponines cardiaques sériques, une histopathologie cardiaque et des modifications de l'ECG.