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La instrumentación mecánica por sí sola no elimina por completo las bacterias de un sistema de conductos radiculares (Baker et al 1975).Tanto con los actuales sistemas de instrumentación de níquel-titanio como con los tradicionales instrumentos manuales de acero inoxidable, casi la mitad de las paredes del conducto radicular quedan sin preparar. La complejidad de la morfología de los conductos radiculares representa un objetivo desafiante para la comunidad endodóntica. Estas complejidades dificultan la capacidad de lograr una desinfección completa de la cavidad pulpar. Los microorganismos localizados en las ramificaciones, deltas, irregularidades y túbulos dentinales a veces no se ven afectados por los procedimientos de desinfección endodóntica. Esto demuestra la importancia de la preparación quimomecánica del conducto radicular.