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Depuis le début des années 80, une diminution de la fertilité des vaches laitières hautes productrices de lait en race Prim'Holstein a été observée en France comme à l'étranger. Les conséquences de cette dégradation impliquent une augmentation des coûts en élevage. L'hypothèse est faite que le bilan énergétique des femelles postpartum participe aux différences de fertilité. Nous avons recherché l'influence du déficit énergétique et de la lactation sur i) la compétence du tractus génital à la reproduction au moment de l'insémination artificielle et ii) le développement du conceptus à 18 jours de gestation. Les analyses transcriptomiques de ces tissus suggèrent des perturbations de certains gènes clés liés au métabolisme cellulaire (e.g. voies PPARs, HNF4A), en lien avec les modifications des profils métaboliques et hormonaux plasmatiques chez les femelles. Les perspectives d'intégration des données provenant de différentes disciplines telles que la génétique, la génomique structurale et fonctionnelle, la métabolomique et l'epigénétique seront probablement des clés futures pour comprendre les modifications physiologiques au cours des processus de reproduction en modèle bovin.