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Camarão de águas profundas Haliporoides triarthrus e lagostins Metanephrops mozambicus são endémicos da região do Sudoeste do Oceano Índico (SWIO) e constituem a maior proporção de capturas de arrasto de crustáceos de águas profundas em Moçambique e na África do Sul. Apesar da sua importância económica para estas pescarias, pouco se sabe sobre a sua distribuição, biologia e estrutura genética da população. A variação genética da metapopulação de H. triarthrus e M. mozambicus foi avaliada a partir de 220 espécimes por espécie recolhidos em três locais em Moçambique (Bazaruto A, Boa Paz e Inhaca), dois locais no oeste de Madagáscar (Morombe e Tulear) e um local no leste da África do Sul (Durban). Dois fragmentos da região mitocondrial foram amplificados utilizando primários universais da subunidade 16S (16S) e da subunidade I (COI) de citocondrial oxidase mitocondrial. De H. triarthrus, foram amplificados fragmentos de 569 pares de bases (bp) (16S) e 1300 bp (COI). Um total de 207 sequências (16S) e 151 sequências (COI) foram recuperadas, e 69 e 78 haplótipos identificados, respectivamente. Os genes Metanephrops mozambicus 16S e COI produziram comprimentos de fragmentos semelhantes, e 112 (16S) e 127 haplótipos (COI) foram recuperados.