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Le mercure est l'un des métaux lourds qui provoque l'inhibition du transport photosynthétique des électrons sur plusieurs sites entre les deux photosystèmes, le PS-II étant plus sensible que le PS-I. Le mercure à faible concentration provoque des altérations des propriétés spectrales d'absorption et de fluorescence. Le mercure à faible concentration provoque des altérations des propriétés spectrales d'absorption et de fluorescence et affecte le transfert d'énergie du phycobilsome au centre de réaction. Pendant une incubation à court terme, il modifie l'interaction entre le chromophore et l'apo-protien de la phycocyanine. Tandis que l'incubation à long terme conduit à la dégradation de la sous-unité beta de la phycocyanine.