Die römerzeitliche Ansiedlung nordöstlich des alten Dorfkerns wurde 1780 im Auftrag der Zürcher Regierung ein erstes Mal fast gänzlich freigelegt. Die genaue Lokalisierung des Gutshofes blieb bis zu den neueren Rettungsgrabungen (1986–1994) unklar. 27 000 m2 Gelände wurden dabei archäologisch untersucht, 28 Gebäude freigelegt. Die Auswertung zeigte, dass von drei aufeinanderfolgenden Gutshöfen (zwei Holzbauphasen, eine Steinbauphase) ausgegangen werden kann. Die Besiedlung umfasst die Zeit von 30 n. Chr. bis Anfang des 4. Jh. Der unmittelbar nach dem Brand um die Mitte des 1. Jh. erstellte zweite Gutshof zeigt schon alle typischen Merkmale solcher Ansiedlungen, insbesondere ein auf Repräsentation und gehobenes Wohnen ausgerichtetes Herrenhaus mit Eckrisaliten und Portikus. In den 80er Jahren des 1. Jh. entstand dann der steingebaute Gutshof, wobei nun ein wesentlich grösseres, aus dem Gelände herausgehobenes Herrenhaus mit Seitenflügeln entstand. Dies unterstrich die sozial klar gehobene Stellung des Besitzers. Mit einer Gesamtfläche von 75 000 m2 gehört der (steingebaute) Gutshof von Neftenbach zu den mittelgrossen Anlagen. Dass davon aber rund ein Drittel nach neuzeitlichen Methoden untersucht werden konnte, bestimmt sein besonderes Gewicht in der Forschung.