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La pratique la plus efficace et la plus courante pour l'évaluation des problèmes environnementaux est l'évaluation à long terme de la qualité de l'eau, car les fluctuations spatio-temporelles des paramètres hydrochimiques et des variables biologiques peuvent être clairement mises en évidence et peuvent aider à l'avenir la recherche sur l'évaluation de l'état de la pollution. L'état hydrochimique des estuaires varie à la fois dans le temps et dans l'espace et la qualité de l'eau est généralement décrite sur la base de ses facteurs physiques, chimiques et biologiques et en fonction de la distance par rapport à la zone côtière ainsi que de la phase de la marée. Le phytoplancton autotrophe se compose principalement de diatomées, de dinoflagellés et de petits flagellés non armés, mais plusieurs autres types d'algues sont présents et occasionnellement importants. L'abondance et la structure de la composition du phytoplancton diffèrent selon les saisons, les lieux et les années. Des millions d'espèces ont été découvertes dans l'écosystème estuarien et de nombreuses nouvelles espèces sont encore explorées chaque jour.