Die 248 Paragraphen des Manuskripts 'Zur Physik II' aus den Jahren 1841 bis 1847 bilden eine eigenständige Abhandlung zur Naturphilosophie. Bolzanos Anschauung basiert auf der Annahme, daß das ganze Weltall eine atomare Teilchenstruktur hat. Gewisse Atome sind dadurch ausgezeichnet, daß sie in einem Kontinuum von Ätheratomen isoliert stehen. Jedes ausgezeichnete Atom besitzt eine Ätherumgebung, welche die Kausalbeziehung zu anderen ausgezeichneten Atomen vermittelt. Für Bolzano gibt es somit keine actio in distans im Sinne der klassischen Physik. In Übereinstimmung mit einer physikalischen Feldtheorie gibt Bolzano eine alternative Beschreibung fernwirkender Kräfte.