Assemblage et finalisation de génomes procaryotes avec cartographie optique
Guide pour l'assemblage de génomes de haute précision
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L'amélioration constante des plateformes de séquençage de l'ADN réduit le temps nécessaire au processus de lecture et d'identification des génomes à un coût de plus en plus faible. Cependant, les séquenceurs présentent encore des limites, telles que la taille des fragments d'ADN qu'ils sont capables d'identifier. Ainsi, l'ADN est fragmenté avant le séquençage, puis réorganisé après cette étape afin de pouvoir représenter le génome d'origine. Ce processus, connu sous le nom d'assemblage de génomes, nécessite l'utilisation de diverses stratégies in vitro et in silico. Au co...
L'amélioration constante des plateformes de séquençage de l'ADN réduit le temps nécessaire au processus de lecture et d'identification des génomes à un coût de plus en plus faible. Cependant, les séquenceurs présentent encore des limites, telles que la taille des fragments d'ADN qu'ils sont capables d'identifier. Ainsi, l'ADN est fragmenté avant le séquençage, puis réorganisé après cette étape afin de pouvoir représenter le génome d'origine. Ce processus, connu sous le nom d'assemblage de génomes, nécessite l'utilisation de diverses stratégies in vitro et in silico. Au cours des dernières années, plusieurs stratégies d'assemblage de génomes ont été proposées, mais il n'existe toujours pas de consensus sur la meilleure approche. Récemment, plusieurs génomes ont été finalisés à l'aide d'une technique connue sous le nom de cartographie optique du génome complet (WGM). Cette technique permet des assemblages de grande qualité à partir d'une carte de restriction de haute précision. La carte de restriction permet d'orienter et d'ordonner les contigs sans avoir besoin d'un génome de référence. Le mappage optique permettra l'avènement d'une nouvelle ère d'assemblages de génomes plus rapides, moins coûteux et de plus en plus précis.
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