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L'utilisation des pesticides demeure onéreuse, inefficace et agit de manière néfaste sur l'écologie et par conséquent sur les équilibres naturels. Devant une telle situation, la mise en place d'une stratégie nationale et locale à laquelle adhèrent les producteurs, les pépiniéristes, les associations professionnelles, les autorités locales et les chercheurs devient un choix incontournable. Ce qui nous mène à l'agriculture biologique qui est la technique la plus prometteuse ayant le plus faible impact sur l'environnement. La présente thèse s'inscrit dans cette dynamique en ayant pour objectifs : 1/l'identification moléculaire des souches PGPR (plant growth promoting rhizobacteria); 2/ l'étude de l'effet stimulateur de certaines souches antagonistes PGPR sur les paramètres de la croissance des différentes cultures sous stress salin;3/ l'étude de leur mode d'action in vitro et de leur effet protecteur contre Clavibacter michiganensis subsp michiganensis agent du chancre bactrien de la tomate.