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La Alineación de Secuencias Múltiples (MSA) es uno de los temas de investigación más importantes en Bioinformática. Es útil en muchas aplicaciones como la clasificación de familias y dominios, la identificación de patrones, recientemente, las ventajas de los métodos desarrollados para el Alineamiento de Secuencias Múltiples se han utilizado en la solución de muchos problemas de los sistemas computacionales. El objetivo de este trabajo es obtener el mejor Alineamiento de Secuencias Múltiples centrándose en los parámetros de tiempo y almacenamiento, este objetivo se ha hecho mediante el desarrollo y la prueba del rendimiento del Algoritmo Genético para encontrar el mejor (máxima puntuación) alineamiento múltiple entre las secuencias.