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La diversidad metabólica de las bacterias las convierte en un recurso útil para remediar la contaminación en el medio ambiente. Las bacterias se han utilizado en la limpieza de vertidos de petróleo, PCB y metales pesados, como arsénico, mercurio, cadmio y plomo. Hay ejemplos adecuados que sugieren que hay pocas sustancias, si es que hay alguna, que no puedan ser utilizadas, al menos en parte, por los microbios para sus logros metabólicos. La biodegradación es una alternativa atractiva a las prácticas actuales de eliminación de residuos, ya que generalmente es un proceso más barato, potencialmente mucho más eficiente y no produce contaminantes secundarios, como los asociados a la incineración y al vertido. En algunos casos, incluso puede ser posible obtener productos finales útiles con beneficio económico a partir del metabolismo bacteriano de los contaminantes, por ejemplo, etanol para su uso en biocombustibles.