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Per soddisfare la crescente domanda di cibo, l'espansione intensiva dell'agricoltura con monocolture e con l'uso estensivo di fertilizzanti chimici è diventata una seria minaccia per l'ecosistema. Al contrario, i biofertilizzanti sono un utile supplemento ai fertilizzanti chimici. Sono utilizzati nell'agricoltura biologica, nell'agricoltura sostenibile, nell'agricoltura verde e nell'agricoltura non inquinante. Vari meccanismi sono utilizzati dai ceppi microbici per aumentare l'assorbimento dei nutrienti, migliorare la fertilità del suolo e aumentare le rese delle colture, come la fissazione dell'azoto, la solubilizzazione del potassio e del fosforo, la produzione di sostanze che sopprimono i fitopatogeni, la protezione delle piante dagli stress abiotici e biotici e la detossificazione degli inquinanti del sottosuolo. L'obiettivo dei biofertilizzanti è quello di integrare e sostituire i fertilizzanti chimici convenzionali laddove necessario, in modo che il loro uso possa essere ridotto con i conseguenti benefici economici e ambientali.