A utilização de resíduos animais como alternativa de adubação em solos agrícolas proporciona a melhoria física do solo, potencializa nutrientes e adiciona compostos bioquímicos específicos capazes de renovar a microfauna e microflora nativas. O objetivo deste trabalho de mestrado foi avaliar o efeito da aplicação de diferentes doses de dejeto suíno compostado (DSC) e adubação química (AQ) em pomares comerciais de macieira, pereira e videira sobre os níveis populacionais dos fungos fitopatogênicos Verticillium dahliae, Fusarium solani, Fusarium oxysporum, Fusarium verticillioides e Trichoderma spp e a relação com a concentração de nutrientes no solo nas condições edafoclimáticas do planalto Catarinense. Houve diferenças significativas entre as diferentes doses e tipos de fertilizantes sob os níveis populacionais dos fungos fitopatogênicos, bem como houve diferença significativa na concentração de alguns nutrientes.