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En el presente trabajo se ha analizado la asociación de islas CpG diferencialmente metiladas con múltiples elementos genómicos. Para conseguir este objetivo se han desarrollado algoritmos de clustering, análisis estadísticos que determinen diferencias de metilación en regiones predefinidas, análisis de enriquecimiento y análisis funcionales. Además, se presentan una serie de herramientas bioinformáticas que incluyen los controles de calidad necesarios para obtener mapas de metilación de alta calidad a partir de experimentos de secuenciación masiva con tratamiento con bisulfito.