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La candidosis es la micosis oportunista más frecuente en personas inmunosuprimidas. Producida por hongos levaduriformes del género Candida. Se analizaron aislamientos clínicos de pacientes internados en el Hospital Juárez de México en el periodo de julio de 2009 a mayo de 2010, se identificaron a las especies por métodos fenotípicos (CHROMagar Candida, producción de tubo germinativo, formación de clamidoconidias, pruebas bioquímicas API YEAST 20 C y Auxacolor TM 2); y por métodos moleculares utilizando la amplificación por PCR-RFLP con enzima de restricción Msp1, que permitió identificar eficazmente a las especies: la más frecuente fue C. albicans (80.3 %), seguida de C. tropicales (8.9%), C. glabrata (5.4%) y C. parapsilosis (5.4%). Se analizó la variabilidad genética entre los aislamientos de C. albicans utilizando la amplificación de un microsatélite CAI (CAA), identificando a 11 alelos diferentes que combinados forman 18 genotipos, de los cuales 28% son homocigotos y 72% son heterocigotos. La presencia del mismo genotipo en diferentes aislamientos sugiere que hubo infección intrahospitalaria entre algunos de los pacientes.