Un cadre formel pour l''annotation experte des gènes eucaryotes
Exogean et DACMLang
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L''annotation, qui consiste à identifier la position du ou des transcrits correspondant à chaque gène, est une phase incontournable de la valorisation de la séquence du génome. Plusieurs méthodes ont été proposées pour automatiser cette tâche mais l''annotateur de référence reste l''expert humain. Celui-ci utilise ses connaissances en biologie pour interpréter une gamme de données provenant de diverses sources qu''il a accumulées automatiquement sur un locus particulier du génome, et applique ensuite un certain nombre de règles heuristiques à ces données. L''approche quasi m...
L''annotation, qui consiste à identifier la position du ou des transcrits correspondant à chaque gène, est une phase incontournable de la valorisation de la séquence du génome. Plusieurs méthodes ont été proposées pour automatiser cette tâche mais l''annotateur de référence reste l''expert humain. Celui-ci utilise ses connaissances en biologie pour interpréter une gamme de données provenant de diverses sources qu''il a accumulées automatiquement sur un locus particulier du génome, et applique ensuite un certain nombre de règles heuristiques à ces données. L''approche quasi manuelle de l''annotateur n''est toutefois pas applicable à l''ensemble des génomes eucaryotes, et nous avons donc cherché à développer une méthode automatique qui suive le même processus que l''expert humain. Pour ce faire, Exogean utilise des multi-graphes orientés acycliques colorés (DACMs) où les sommets sont des objets biologiques (exons, transcrits), et les multiples couleurs d''arêtes entre les sommets sont des relations entre ces objets, dérivées de l''expertise humaine. Les DACMs sont parcourus suivant des chemins qui répliquent les règles suivies par l''expert humain lorsqu''il analyse les données.
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