Sélection moléculaire et ressources génétiques du riz Tulaipanji
Variations SNP et InDel et leur schéma d'introduction dans les lignées de descendance F5 (Tulaipanji x Ranjit)
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Ce livre traite des divers aspects de la variation des SNP/Indels dans les lignées de descendance (Tulaipanji x Ranjit) et les ressources génétiques du riz sauvage Oryza rufipogon. Les germoplasmes de riz ont été décrits sur la base des propriétés morpho-physicochimiques, de l'analyse GCMS, du MEB des grains et des granules d'amidon. La technologie TILLING/Eco-TILLING basée sur la génétique inverse a été illustrée pour l'extraction d'allèles. La méthode GBS basée sur la NGS (Illumina) a été employée dans cette étude pour analyser les variations SNP et InDel et leur schéma...
Ce livre traite des divers aspects de la variation des SNP/Indels dans les lignées de descendance (Tulaipanji x Ranjit) et les ressources génétiques du riz sauvage Oryza rufipogon. Les germoplasmes de riz ont été décrits sur la base des propriétés morpho-physicochimiques, de l'analyse GCMS, du MEB des grains et des granules d'amidon. La technologie TILLING/Eco-TILLING basée sur la génétique inverse a été illustrée pour l'extraction d'allèles. La méthode GBS basée sur la NGS (Illumina) a été employée dans cette étude pour analyser les variations SNP et InDel et leur schéma d'introgression dans les lignées de descendance F5 (P-awn et P-awnless). Le nombre total de SNP identifiés était de 52 810 et celui des indels de 4 327. Ces variantes n'étaient pas réparties uniformément sur les 12 chromosomes (d'après le Golden Helix G Browser). L'étude a montré que sur un nombre d'allèles de 10013, 92,52% ont été introgressés dans P-awn à partir de Tulaipanji et 7,485 à partir de Ranjit, en revanche, P-awnless a porté 89,19% à partir de Ranjit et 10,81% à partir de Tulaipanji. Cela est dû à une distorsion de la ségrégation. De nombreuses variations SNP sont associées à des caractères importants. Comme la GA20-oxydase (gène sd1), l'Argonaute et la protéine Dicer avec le domaine PAZ. Fichiers Fastq de quatre lignées de riz avec NCBI SRA Accession no. SRP077861, SRP077919, SRP077947 & SRP077977.
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