Simulation de données issues d'expériences de cartographie par séquençage
Un pipeline pour simuler des données issues d'expériences de cartographie par séquençage chez Arabidopsis thaliana
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Les progrès récents des technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) ont permis de réduire le temps nécessaire à l'identification des mutations en génétique directe, l'un des principaux moyens de caractériser la fonction des gènes chez les plantes. La méthodologie utilisée pour identifier les mutations induites par des mutagènes physiques ou chimiques dans une population de cartographie est connue sous le nom de mapping-by-sequencing. Parmi les différentes techniques qui utilisent cette méthodologie, la cartographie de nouvelle génération (NGM) se distingue par l...
Les progrès récents des technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) ont permis de réduire le temps nécessaire à l'identification des mutations en génétique directe, l'un des principaux moyens de caractériser la fonction des gènes chez les plantes. La méthodologie utilisée pour identifier les mutations induites par des mutagènes physiques ou chimiques dans une population de cartographie est connue sous le nom de mapping-by-sequencing. Parmi les différentes techniques qui utilisent cette méthodologie, la cartographie de nouvelle génération (NGM) se distingue par le fait qu'elle nécessite un petit nombre de mutants dans la population de cartographie. Cependant, dans les travaux publiés, la raison pour laquelle les paramètres utilisés pour former la population de cartographie (nombre d'individus, nombre de mutants, mode de croisement) et pour le séquençage (plateforme utilisée, méthode de séquençage, couverture) ont été utilisés dans les expériences n'est pas claire. Pour cette raison, un pipeline bioinformatique a été développé qui permet la simulation de données provenant d'expériences utilisant la technique NGM avec la plante modèle Arabidopsis thaliana, une des plantes les plus étudiées et séquencées dans la littérature.
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