Simulac¿a¿o de dados de experimentos de mapping by sequencing
Um pipeline de simulac¿a¿o de dados de experimentos de mapping by sequencing em Arabidopsis thaliana
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Avanc¿os recentes nas tecnologias de sequenciamento de nova gerac¿äo (NGS) reduziram o tempo necessärio para a identificac¿äo de mutac¿o¿es em gene¿tica forward, uma das principais formas para caracterizac¿äo da func¿äo de genes em plantas. A metodologia utilizada para a identificac¿äo de mutac¿o¿es induzidas por agentes mutage¿nicos fi¿sicos ou qui¿micos em uma populac¿äo de mapeamento e¿ conhecida como mapping-by-sequencing. Dentre as värias te¿cnicas que utilizam esta metodologia, Next-generation mapping (NGM) ganha destaque por necessitar de um nu¿mero pequeno de ...
Avanc¿os recentes nas tecnologias de sequenciamento de nova gerac¿äo (NGS) reduziram o tempo necessärio para a identificac¿äo de mutac¿o¿es em gene¿tica forward, uma das principais formas para caracterizac¿äo da func¿äo de genes em plantas. A metodologia utilizada para a identificac¿äo de mutac¿o¿es induzidas por agentes mutage¿nicos fi¿sicos ou qui¿micos em uma populac¿äo de mapeamento e¿ conhecida como mapping-by-sequencing. Dentre as värias te¿cnicas que utilizam esta metodologia, Next-generation mapping (NGM) ganha destaque por necessitar de um nu¿mero pequeno de mutantes na populac¿äo de mapeamento. Entretanto, nos trabalhos publicados, näo fica claro o porque¿ da utilizac¿äo dos parämetros usados para formac¿äo da populac¿äo de mapeamento (nu¿mero de indivi¿duos, nu¿mero de mutantes, forma de cruzamento) e para o sequenciamento (plataforma utilizada, me¿todo de sequenciamento, cobertura) nos experimentos. Por isso, desenvolveu-se um pipeline de bioinformätica que possibilita a simulac¿äo de dados de experimentos que utilizam a te¿cnica de NGM com a planta modelo Arabidopsis thaliana, uma das plantas mais estudas e sequenciadas na literatura.
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