Repetitive Elemente aus hochfragmentierten Sequenzdaten
Vorhersage und experimenteller Nachweis
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Inhalt dieser Arbeit ist die Evaluierung undAnwendung einer selbstentwickelten in silico Methodezur Vorhersage repetitiver Einheiten in Whole GenomeShotgun Sequenzdaten. Diese auf BLAST basierendeMethode kann durch Intervallclustering undAssemblierung homologer Sequenzen Repeatswiederherstellen, die selbst länger sind als dieEingabesequenzen. Damit konnten die typisch repetitivvorkommenden Elemente im Genom rekonstruiert werden,wie unter anderem strukturelle RNAs, Histone,Transposons und Retrotransposons aber auch SimpleRepeats und tRNAs.
Inhalt dieser Arbeit ist die Evaluierung und
Anwendung einer selbstentwickelten in silico Methode
zur Vorhersage repetitiver Einheiten in Whole Genome
Shotgun Sequenzdaten. Diese auf BLAST basierende
Methode kann durch Intervallclustering und
Assemblierung homologer Sequenzen Repeats
wiederherstellen, die selbst länger sind als die
Eingabesequenzen. Damit konnten die typisch repetitiv
vorkommenden Elemente im Genom rekonstruiert werden,
wie unter anderem strukturelle RNAs, Histone,
Transposons und Retrotransposons aber auch Simple
Repeats und tRNAs.
Anwendung einer selbstentwickelten in silico Methode
zur Vorhersage repetitiver Einheiten in Whole Genome
Shotgun Sequenzdaten. Diese auf BLAST basierende
Methode kann durch Intervallclustering und
Assemblierung homologer Sequenzen Repeats
wiederherstellen, die selbst länger sind als die
Eingabesequenzen. Damit konnten die typisch repetitiv
vorkommenden Elemente im Genom rekonstruiert werden,
wie unter anderem strukturelle RNAs, Histone,
Transposons und Retrotransposons aber auch Simple
Repeats und tRNAs.
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