NGS Contigium-Redundanz in Prokaryoten-Genomen

NGS Contigium-Redundanz in Prokaryoten-Genomen

Ein neuer Ansatz zur NGS-kontinuierlichen Redundanz bei der Genomkomplettierung

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In dieser Arbeit wird eine rechnerische Methode vorgestellt, um redundante NGS-Kontigs, die durch Assembler erzeugt wurden, wieder zu erkennen und zu eliminieren. Der Ansatz verwendet zwei Hashing-basierte Techniken, einen Bloom-Filter zur Eliminierung doppelter Contigs und einen ortsabhängigen Hash (LSH) zur Entfernung ähnlicher Contigs. Da eine große Anzahl von Contigs von verschiedenen Assemblern erzeugt wird, erfordern diese Ansätze erhebliche rechnerische und personelle Ressourcen. Die Redundanzreduzierung erleichtert die weitere Datenanalyse und verkürzt die Zeit, die für die Ferti...