Modeling of Gene Expression Time Courses and Identification of Gene Interaction Networks
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Diese Arbeit begleitet mathematisch eine Genexpressionsanalyse des pflanzenpathogenen Pilzes Magnaporthe grisea während der ersten 24 Stunden seines Wachstums. In jedem Schritt, von der Versuchsplanung bis zum mathematischen Geninteraktionsmodell, werden verschiedene Ansätze vorgestellt, verwendet und diskutiert. Die Varianzquellen von Microarrayexperimenten werden aufgezeigt und dafür geeignete Normalisierungsmethoden präsentiert. Das Buch enthält recheneffiziente statistische Methoden zur Detektion signifikanter Änderungen in der Genexpression und Interpolationsverfahren für die diskr...
Diese Arbeit begleitet mathematisch eine Genexpressionsanalyse des pflanzenpathogenen Pilzes Magnaporthe grisea während der ersten 24 Stunden seines Wachstums. In jedem Schritt, von der Versuchsplanung bis zum mathematischen Geninteraktionsmodell, werden verschiedene Ansätze vorgestellt, verwendet und diskutiert. Die Varianzquellen von Microarrayexperimenten werden aufgezeigt und dafür geeignete Normalisierungsmethoden präsentiert. Das Buch enthält recheneffiziente statistische Methoden zur Detektion signifikanter Änderungen in der Genexpression und Interpolationsverfahren für die diskret gemessenen Genexpressionslevels zur Entwicklung kontinuierlicher und biologisch interpretierbarer Zeitverläufe. Des Weiteren werden verschiedene Clustertechniken vorgestellt, die die abschließende Bestimmung eines Geninteraktionsmodells ermöglichen. Das Ergebnis wird von mathematischer und biologischer Seite diskutiert. Mit einer umfangreichen Bibliographie wird dem Leser ein guter Überblick über vertiefende und weiterführende Literatur an die Hand gegeben. Da sowohl der mathematische als auch biologische Hintergrund ausführlich dargestellt wird, eignet sich das Buch für alle, die mit der Analyse von Genexpressiondaten arbeiten.
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