Mejora Molecular y Recursos Genéticos del Arroz Tulaipanji
Variaciones SNP e InDel y su patrón de introgresión en líneas de progenie F5 (Tulaipanji x Ranjit)
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Este libro trata de los diversos aspectos de la variación SNPs/Indels en las líneas de progenie (Tulaipanji x Ranjit) y los recursos genéticos del arroz silvestre Oryza rufipogon. Se han descrito los germoplasmas de arroz basándose en las propiedades morfofisicoquímicas, el análisis GCMS, el SEM del grano y los gránulos de almidón. Se ha ilustrado la tecnología TILLING/Eco-TILLING basada en genética inversa para la extracción de alelos. En este estudio se empleó el método GBS basado en NGS (Illumina) para analizar las variaciones SNP e InDel y su patrón de introgresión en línea...
Este libro trata de los diversos aspectos de la variación SNPs/Indels en las líneas de progenie (Tulaipanji x Ranjit) y los recursos genéticos del arroz silvestre Oryza rufipogon. Se han descrito los germoplasmas de arroz basándose en las propiedades morfofisicoquímicas, el análisis GCMS, el SEM del grano y los gránulos de almidón. Se ha ilustrado la tecnología TILLING/Eco-TILLING basada en genética inversa para la extracción de alelos. En este estudio se empleó el método GBS basado en NGS (Illumina) para analizar las variaciones SNP e InDel y su patrón de introgresión en líneas de progenie F5 (P-awn y P-awnless). Se identificó un total de 52.810 SNP y 4327 Indels. Estas variantes no estaban distribuidas uniformemente en los 12 cromosomas (según el Golden Helix G Browser). El estudio mostró que de 10013 alelos, 92.52% fueron introgresados en P-awn desde Tulaipanji y 7.485 desde Ranjit, en contraste, P-awnless portó 89.19% desde Ranjit y 10.81% desde Tulaipanji. Esto se debe a la distorsión de la segregación. Muchas variaciones SNP están asociadas con rasgos importantes. Tales como GA20-oxidasa (gen sd1), Argonauta y proteína Dicer con dominio PAZ. Archivos Fastq de cuatro líneas de arroz con NCBI SRA Accession no. SRP077861, SRP077919, SRP077947 & SRP077977.
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