In-silico-Identifizierung von Mikronährstoffen und ihren Zielen in Linsen
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In dieser Arbeit wird der In-silico-Ansatz zur Identifizierung und Charakterisierung von konservierten miRNAs in Linsen-Expressed-Sequence-Tags (ESTs) angewandt. Zur Identifizierung neuartiger miRNAs in Linsen wurden EST-Sequenzen auf Homologie mit bekannten reifen miRNAs aus dem Pflanzenreich Viridiplantae mittels Online-BLASTN durchsucht. Eine auf vergleichender Genomik basierende computergestützte Identifizierung ergab 12 potenzielle miRNA-Kandidaten, die zu 12 verschiedenen miRNA-Familien in Linsen gehören. Schließlich wurden anhand der potenziellen miRNAs von Knoblauch insgesamt 25 Zie...
In dieser Arbeit wird der In-silico-Ansatz zur Identifizierung und Charakterisierung von konservierten miRNAs in Linsen-Expressed-Sequence-Tags (ESTs) angewandt. Zur Identifizierung neuartiger miRNAs in Linsen wurden EST-Sequenzen auf Homologie mit bekannten reifen miRNAs aus dem Pflanzenreich Viridiplantae mittels Online-BLASTN durchsucht. Eine auf vergleichender Genomik basierende computergestützte Identifizierung ergab 12 potenzielle miRNA-Kandidaten, die zu 12 verschiedenen miRNA-Familien in Linsen gehören. Schließlich wurden anhand der potenziellen miRNAs von Knoblauch insgesamt 25 Zielgene vorhergesagt und ihre wahrscheinlichen Funktionen dargestellt. Die meisten der miRNA-Zielgene in Linsen scheinen für Wachstum, Entwicklung, Stoffwechsel und Stressreaktion, Krankheitsresistenzen usw. zu kodieren. In naher Zukunft könnte ein besseres Verständnis der molekularen Mechanismen von miRNAs in Linsenpflanzen zur Entwicklung neuartiger und präziser Techniken beitragen, um einige posttranskriptionelle Gen-Silencing-Mechanismen als Reaktion auf Stresstoleranz zu verstehen.
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