Deteção de ortólogos e parálogos utilizando a árvore filogenética
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A ortologia e a paralogia são conceitos centrais na biologia evolutiva. A previsão de ortólogos (genes homólogos que divergiram devido à especiação) e paralólogos (genes homólogos que divergiram devido à duplicação) é parte integrante de muitos métodos de genómica comparativa. Existem vários métodos utilizados para inferir ortologia e paralogia. A ortologia e a paralogia podem ser inferidas utilizando métodos baseados em grafos e métodos filogenéticos. No entanto, o método baseado em análises filogenéticas assemelha-se muito à definição original de ortologia e paralog...
A ortologia e a paralogia são conceitos centrais na biologia evolutiva. A previsão de ortólogos (genes homólogos que divergiram devido à especiação) e paralólogos (genes homólogos que divergiram devido à duplicação) é parte integrante de muitos métodos de genómica comparativa. Existem vários métodos utilizados para inferir ortologia e paralogia. A ortologia e a paralogia podem ser inferidas utilizando métodos baseados em grafos e métodos filogenéticos. No entanto, o método baseado em análises filogenéticas assemelha-se muito à definição original de ortologia e paralogia e é conhecido por ser exato. No presente trabalho, é desenvolvido um pipeline para a deteção de ortólogos e paralólogos com base na abordagem filogenética. Um conjunto de proteínas foi descarregado do UniProt e foi criada uma base de dados. Foram detectados ortólogos e parálogos para a sequência de proteínas em causa. Foram utilizados o algoritmo de sobreposição de espécies e o limiar de distância patrística entre pares para identificar a previsão exacta e ajustada de parálogos e ortólogos. Foi desenvolvida uma interface amigável para facilitar a utilização.
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