Base de datos orientada a grafos para almacenar información biológica
BioGraph
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La ingeniería metabólica ha alcanzado un gran impacto en los últimos años, posibilitando la modificación de vías metabólicas ya existentes o nuevas, para la mejora directa de propiedades celulares. Los avances en esta área han hecho posible diseñar nuevas cepas de microorganismos que producen metabolitos de interés para la biomedicina, las investigaciones farmacéuticas, energéticas, etc. Un paso decisivo para la obtención de estos resultados es el análisis in silico que debe realizarse. Para ello es de vital importancia contar con toda la información biológica disponible, así ...
La ingeniería metabólica ha alcanzado un gran impacto en los últimos años, posibilitando la modificación de vías metabólicas ya existentes o nuevas, para la mejora directa de propiedades celulares. Los avances en esta área han hecho posible diseñar nuevas cepas de microorganismos que producen metabolitos de interés para la biomedicina, las investigaciones farmacéuticas, energéticas, etc. Un paso decisivo para la obtención de estos resultados es el análisis in silico que debe realizarse. Para ello es de vital importancia contar con toda la información biológica disponible, así como un modo de almacenamiento adecuado para solucionar la problemática; es por esto que se determinó como objetivo de la investigación: desarrollar una herramienta informática que permita almacenar de forma automática la información biológica en una base de datos orientada a grafo. Un primer aspecto fue la obtención de la información biológica, para lo cual se utilizó el servicio FTP que ofrece la base de datos KEGG. Posteriormente se seleccionó el modelo de datos más adecuado para trabajar con las vías metabólicas y se eligió Neo4j como motor de base de datos.
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