Aplicación biológica de los compuestos de espiro
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Las moléculas se dibujaron con el programa gratuito ACD Chemsketch 12, seguido de la optimización de la energía con el campo de fuerza MMFF94 utilizando TINKER. Las pdb de las proteínas se descargaron del banco de datos de proteínas (www.rcsb.org). Las proteínas se sometieron primero a la minimización de energía, a la protonación y a la detección de la "identificación del sitio". El receptor y los candidatos a fármacos se optimizaron antes del acoplamiento real, seguido del acoplamiento en MOE 2012.10 utilizando el procedimiento estándar mencionado en el manual del software. Las m...
Las moléculas se dibujaron con el programa gratuito ACD Chemsketch 12, seguido de la optimización de la energía con el campo de fuerza MMFF94 utilizando TINKER. Las pdb de las proteínas se descargaron del banco de datos de proteínas (www.rcsb.org). Las proteínas se sometieron primero a la minimización de energía, a la protonación y a la detección de la "identificación del sitio". El receptor y los candidatos a fármacos se optimizaron antes del acoplamiento real, seguido del acoplamiento en MOE 2012.10 utilizando el procedimiento estándar mencionado en el manual del software. Las moléculas se acoplaron en el sitio activo utilizando el "campo de fuerza" como técnica de refinamiento con la configuración por defecto en MOE 2012.10. Todas las moléculas recién sintetizadas se acoplaron en el sitio activo de la AChE (pdb- 1GQR, resolución de rayos X = 2,20 Ao). Para el presente análisis, se utilizó la proteína transportadora de ailo reductasa (InhA) de M. tuberculosis que cataliza la reducción específica de NADH de 2-trans-enoyl-ACP (pdb: 2H7M, Resolución= 1.62Å). Por conveniencia y con el propósito de comparar, como representante, reportamos las poses de acoplamiento para el compuesto activo de cada serie.
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