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A fim de atender à crescente demanda pelo suprimento de alimentos, a expansão intensiva da agricultura com monoculturas e com o uso extensivo de fertilizantes químicos tornou-se uma séria ameaça ao ecossistema. Em contraste, os biofertilizantes são um suplemento útil aos fertilizantes químicos. São utilizados na agricultura orgânica, na agricultura sustentável, na agricultura verde e na agricultura não-poluente. Vários mecanismos são usados por cepas microbianas para aumentar a absorção de nutrientes, melhorar a fertilidade do solo e aumentar o rendimento das culturas, como a fixação de nitrogênio, solubilização de potássio e fósforo, produção de substâncias que suprimem os fitopatógenos, proteção das plantas contra o estresse abiótico e biótico e desintoxicação de poluentes abaixo do solo. O objectivo dos biofertilizantes é complementar e substituir os fertilizantes químicos convencionais sempre que necessário, para que a sua utilização possa ser reduzida com os consequentes benefícios económicos e ambientais.