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Entre os crustáceos cultivados, o camarão gigante de água doce Macrobrachium rosenbergii era até há pouco tempo uma das principais espécies com elevado valor comercial. Ultimamente, tem perdido popularidade devido a doenças e crescimento diferencial dos machos por causa da hierarquia social. A espécie pode readquirir o seu antigo estatuto preferido se for geneticamente melhorada para o crescimento e resistência às doenças. A reprodução selectiva é grandemente facilitada pela selecção assistida por marcadores (MAS). Os polimorfismos de nucleótidos únicos (SNPs) oferecem a melhor resolução possível para um mapa marcador (uma única mudança de nucleótidos), são co-dominantes, bi-alélicos e geralmente abundantes em populações com uma baixa taxa de mutação. A sequenciação do ADN através de plataformas NGS é considerada como a abordagem mais rentável. Neste estudo, a exploração mineira SNP foi realizada nas sequências transcritas de M. rosenbergii disponíveis no GenBank, NCBI. Foram recolhidos espécimes selvagens de diferentes massas de água. Os primários foram concebidos para amplificar a codificação (CDS) e sequenciaram os amplicons nas plataformas GS-FLX 454 e Ion torrent. Foram detectados 173 SNPs entre populações. Esta abordagem para os SNPs de mineração em sequências relatadas foi utilizada por nós pela primeira vez.